Temiz oda tasarımında düzenleme yaparken dikkat edilecek önemli konulardan biri de basınç farklarıdır. Çünkü basınç farklarını kullanarak temiz ve daha az temiz alanlar arasında bariyerler oluşturulur. Yanyana
olan bu alanlarda basınç farkları kolayca kontrol edilse de temiz odalar arasında türbülans olmamasına dikkat edilmelidir.
Temiz odalar içerisinde amaçlanan hava akış yönünün tersine dönmesini önlemek için, basınç farkı yeterince büyük ve sabit olmalıdır. Basınç farkı yöntemi ister bağımsız olarak ister diğer kontaminasyon kontrolü yaklaşımları ile birlikte kullanılsın, her durumda dikkatle incelenmelidir. Temiz odalarda yanlış basınç farkı uygulamaları, kontaminasyonu bu alandan uzak tutmak yerine içine alabilir. Kapıların açılmasını sağlamak ve türbülansın neden olduğu istenmeyen çapraz akışları önlemek için, bitişik temiz odalar veya farklı temizlik seviyelerine sahip temiz bölgeler arasındaki basınç farkı normalde 5 Pa ila 20 Pa aralığında olmalıdır.
Farklı sınıflardaki temiz odalar ve sınıflandırılmamış bölgeler arasında sabit fark basınç oluşturmak ve sürdürmek için çeşitli hava akışı dengeleme teknikleri kullanılabilir. Temiz odalardaki basınç farkları kabul edilebilir seviyenin alt kısmına yakın olduğunda, hava akışının ve basıncın doğru ölçülmesini sağlamak ve tesisatın kararlılığını göstermek için özel önlemler alınmalıdır.